Tienes que poner la variable correspodiente a la llave de la tabla en el printf
Código PHP:
printf("<tr>[color="Red"]<td><input type="checkbox" name=\"registro[]\" value=\"%s\" /></td>[/color]<td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s </td><td><a
href=\"borraract.php?id=%d\">Eliminar</a></td></tr>",
[COLOR="Red"]$row[ llave ],[/COLOR]
$row["dependencia"],$row["actividad"],$row["f_i"],$row["f_f"],$row["f_r"],$row["monto"],$row["unidad"],$row["programado"],$row["tarea"],$row["trimestre"],$row["calcular"],$row["estimado"],$row["id_tabla"]);
"llave" sería el nombre del campo de la tabla que es la llave primaria.