Hola:
En principio creo que es mejor que todos esos checkboxes tengan el mismo nombre terminado con un juego de corchetes, así php sabe que se trata de un array, y el nombre del arreglo, asignárselo a su value, entonces con un botón submit normal, al enviar ese formulario solo se enviarán los nombres de los checks seleccionados. Crear luego ese select creo que es trivial.
No sé si es lo que quieres.
Saludos
