el valor del checkbox, debe ser el id de la tabla, osea el autonumerico que hablas.
Asi de esta forma cuando lo retomes en el foreach, ira eliminando uno a uno.
Cuando salga del foreach ya abra eliminado todos los que seleccionaste.
Prueba de esta manera amig@:
Código PHP:
printf('<tr>[color="Red"]%s[/color]<td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s</td><td> %s </td><td><a href="borraract.php?id=%d">eliminar
</a><td>',$row["llave"],$row["dependencia"],$row["actividad"],$row["f_i"],$row["f_f"],$row["f_r"],$row["monto"],$row["unidad"],$row["programado"],$row["tarea"],$row["trimestre"],$row["calcular"],$row["estimado"],$row["id_tabla"]);
echo '<input type="checkbox" name="registro[]" value="'.$row['id_tabla'].'" /></td></td></tr>';
Suerte