Cita: 1.- Si utilizamos meta "nofollow" también afecta a los links internos y al PR de nuestro propio sitio web?
Puedes poner nofollow a los vínculos internos hacia páginas que no quieres que los buscadores indexen, pero tratar de manipular el PR mediante nofollows es una técnica penalizada.
Cita: 2.- El archivo robots.txt es solo para url, o se incluyen todo tipo de archivos: imágenes, css etc...
Todos esos archivos están en una URL. Podés bloquear archivos específicos, o bien directorios completos (por ejemplo, ./images/)
saludos!