¿Es correcto el uso del IFRAME? ¿Cual sería la alternativa?

[Bahamut2]

Buenos dias, no suelo escribir mucho pero es que necesito que alguien me aclare un poco porque me estoy haciendo un lio bastante gordo jeje

Resulta que he leido por ahí que el IFRAME está desapareciendo, pero por supuesto que se puede utilizar, pero me estoy encontrando varios problemas a la hora de utilizarlo (al cargar javascript del IFRAME padre al hijo por ejemplo). Según he leido el uso más correcto es el de las capas (divs) en vez de los iframes, y claro está que con las capas se solucionarían mis problemas ya que está todo en la misma página y el javascript no tiene que viajar de una web a otra.

Pero la idea principal que yo tenia para la web es que fuera rápida, a mi me gusta hacer paginas web que no tengan que recargarse cada vez que pinches una opción (lease AJAX o IFRAMES) y es por esto que los utilizo mucho. En cambio si me pongo a usar DIVs ya no sería lo mismo puesto que "cargará toda la pagina al inicio" y lo veo bastante "cutre" ya que lo ideal es que cargue solo la parte de la página que tu quieres cuando pinches la opción, y no que te cargue toda la pagina de golpe (aunque los divs estén ocultos).

He estado utilizando siempre IFRAMES pero llega un punto que tengo que dejarlo porque me está dando problemas con varias librerias de javascript (mootools, etc) ya que tengo que cargar el script en el IFRAME y crea conflictos con el padre (y los scripts de carga de imagenes no funcionan por ejemplo).
He probado también usando AJAX pero no me ha funcionado porque al parecer cuando cargo una pagina HTML mediante AJAX el script (mootools en este caso) tiene que validar todo el codigo javascript internamente, y muchas veces falla y no se ejecuta correctamente. (resumiendo que la ejecucion de javascript mediante ajax no me está funcionando, por lo visto se complica demasiado todo).

La única solución que me queda ahora es usar DIVs pero no quiero por lo que os he contado antes... me gusta que la pagina solo se cargue cuando yo haga click en esa sección. (en un iframe o en un div).

¿Que solucion me podeis dar?
Por favor ruego que alguien me pueda contestar alguna solución o aclaración cuanto antes.

PD: Si os preguntais cuales son mis problemas en concreto, es que cuando utilizo un script de carga de imagenes tipo "lightbox" las imagenes se van cargando "dentro del iframe" y de ahí ni salen, y lo que quiero es que se carguen an el iframe padre (osea en la propia web). Si no recuerdo mal al usar ajax tampoco me funcionaban algunas funcionas javascript y por esó deje de usarlo.