WHMCS soporta varias formas de pago, pasarelas, gateways, como quieras llamarlas: Paypal, 2checkout.com, Authorize.net, etc. En su página principal puedes ver todas las que soporta:
http://whmcs.com/
Gateway Modules
Puedes elegir la que más te interese, o varias, revisa antes sus condiciones, tarifas, etc. Casi todas permiten pagos con tarjeta, es la forma más usada para pagos en Internet junto a Paypal.