Hola Zorrilla,
El control no permite especificar filtros, como si de un OpenFileDialog se tratara.
Deberás trabajarte algo con javascript, capturando la extensión del fichero seleccionado y notificando al usuario el resultado.
Aqui hay algún ejemplo:
http://aspalliance.com/1614_Adding_F..._ASPNET_20.all
Saludos.