por si las moscas dejo este codigo que me salio para hacer el respaldo y descarharlo
Código PHP:
<?
#system('C:\xampp\mysql\bin\mysqldump.exe -u miusuario --password=miclave --opt mibase>C:\Users\%username%\Desktop\qliao.sql');
system('C:\xampp\mysql\bin\mysqldump.exe -u miusuario --password=miclave --opt mibase>C:\xampp\htdocs\files\qliao.sql');
$id = "qliao.sql";
$enlace = "../files/".$id;
header ("Content-Disposition: attachment; filename=".$id."\n\n");
header ("Content-Type: application/octet-stream");
header ("Content-Length: ".filesize($enlace));
readfile($enlace);
unlink($enlace);
?>