En el .htacces, tenés que hacer un redireccionamiento 301 desde
http://www.dominio.com/otrodirectorio/ hacia
http://www.dominio.com/otrodirectorio/index.php
De ese modo evitas este tipo de problemas, y a la vez unificás los enlaces que tengan "ambas paginas", lo cual seguramente te ayudará en el posicionamiento.
Googleá 301 htaccess y vas a encontrar pilas de tutoriales sobre cómo hacerlo.
saludos!