El problema en este caso es bastante claro: en cada paso sobreescribís la variable $incluir
Yo pienso que con esto debería serte suficiente:
Código PHP:
$pml = $_GET['pml'];
$pdi = $_GET['pdi'];
$pwd = $_GET['pwd'];
include('web/pdi/'.$pdi.'.php');
include('web/pml/'.$pml.'.php');
include('web/pwd/'.$pwd.'.php');
Dado que de todas formas estás buscando un $f que sea igual que $pml, $pdi o $pwd según el caso.
Saludos.
Saludos.