No , claro que esta mal es lo que vi en tu primera linea que escribiste.
yo lo escribiria asi:
echo '<a href="encuestaNEG.php?id='.$fila['claveAfiliado'].'">';
lo que digo es que esa linea tiene que entregarte un codigo asi:
<a href="encuestaNEG.php?id=999"> que controles que realmente el ?id=999 tenga el valor de claveafiliado