Eso es problema de programación de aplicaciones, no de bases de datos.
Usa la rutina de carga del POPUP para que carge los strings en la forma correcta, pero te recomiendo que lo hagas en el foro de programación del lenguaje que estés usando.
Si lo que quieres preguntar es cómo hacer para que MySQL te devuelva los campos ya con el formato correcto, eso se hace con la función
DATE_FORMAT() y la puedes encontrar bien descripta en el
manual de referencia. Leelo y ponlo entre tus favoritos. Te va a ayudar y mucho.
Nota: DATE_FORMAT
te devuelve el campo convertido en string, de modo que no puedes manipularlo como fecha, ya que ésta en MySQL tiene siempre el formato aaaa-mm-dd.