Evidentemente no va porque necesitas escapar las comillas y el valor de $. Para ello mejor utiliza comillas simples:
Código PHP:
$codigoPHP = 'if($algo) { echo "Hola"; } else { echo "Adios"; }';
Supongo después buscarás la función eval()
www.php.net/eval
Es muy raro esto que estás haciendo; es muy probable tengas un error de concepto y haya una --mucho-- mejor manera de hacer lo que sea que pretendas hacer.
Espero te sirva y, si tienes más problemas, podrías explicarte mejor. Ten cuidado en tu redacción.
