Creo que estas un poco enredada con el uso de las funciones, sin embargo si lei bien necesitas almacenar en un array asociativo o Tabla Hash, los datos de cada producto, sin embargo creo que lo puedes solucionar así, sin usar funciones de array.
Código PHP:
$productos = array();
$sql="select especie, pie from tbl_avance_pecuario where month(fecha_modificacion)='".$mes."'
and ddr='$id_ddr' and tipo=3";
$rs=mysql_query($sql, $conecta) or die ("Error al obtener los id's de la tabla de agricolas".mysql_error());
while($fila=mysql_fetch_array($rs))
{
//Agregar cada producto al array
$productos[] = array($fila["especie"],$fila["pie"]);
}
mysql_free_result($rs);
//desplegar los datos
foreach($productos as $key =>$val){
$despliegue.='<tr><td class="txt" colspan="9">'.$val[0].','.$val[1].'</td></tr>';
}