Es indiferente como has subido la carpeta... tienes que recorrer el directorio y para cada archivo generar un thumb.
Entonces, tienes dos problemas, como recorrer el dir y cómo crear thumbs para una imágen. Para el primero, tienes la clase
PHP: Clase DirectoryIterator
Consulta aparte: ¿Queres generar _otro_ archivo aparte del original ó mostrar un thumb en una página?