Subir datos a un servidor web

[jucuegas]

Buenas,

a ver si me explico bien,

tengo una aplicación local funcionando bajo php y mysql en un servidor apache en mi windows.
Lo que quiero hacer es ir actualizando la web desde esta aplicación en local.

Actulamente en el momento de actulizar datos via mysql, modifico los parametros de conexion de localhost a mi servidor con el usuario y contraseña de mi servidor en internet.
Pero este proceso no parece ser muy seguro porque creo que no se encriptan los datos y además el server tiene que tener este puerto abierto para escuchar la conexión.
Me han comentado la opción de hacerlo con un formulario post desde la aplicación local al server...

Cual sería la mejor opción y mas segura?

Saludos y gracias
Julio