Depende... si estas entrando por ftp a mi me pasaba que al crearlo y mantener el archivo abierto me lo mostraba... pero al cerrarlo como que desaparecia... (siendo que aun existia el archivo)... a veces pasa porque el editor donde lo abria no conocia los .htaccess y los tomaba como archivo desconocido y no los mostraba.
Si es tu caso podrias revisarlo directamente en la pagina y agregar el .htaccess como extension valida.
Si no lo es... podria ser cualquier cosa freak.
Suerte!
