ac te dejo el formulario que llama el popup.
<?php
echo"<p> </p>";
echo"<p> </p>";
echo"<p> </p>";
echo"<p> </p>";
echo"<table width='30%' height='55' border='0' align='center'>";
echo"<tr> ";
echo"<form name='form1' method='POST'>";
$sql = "SELECT * FROM cursos__curs";
$res = mysql_query($sql) or die("La consulta falló: " . mysql_error());
$num=mysql_numrows($res);
echo "<td><font face='Verdana' size='2'>Curso</font></td>";
echo "<td ><select name='cursos' id='cursos'>";
echo "<option value=''>(Seleccione Curso)</option>";
for ($i=0; $i<$num; $i++)
{
$curso=mysql_result($res,$i,"curs_curso_alumno");
echo "<option value=$curso>$curso</option>";
}
echo"</select>";
echo"<td width='24%'>";
?>
<input type="submit" name="Buscar" value="Buscar" onclick="ventanaNueva('ver_horario_curso.php?curso s=<?php echo $cursos ?>')"></td>
<?php
echo"</form></td>";
echo"</tr>";
echo"</table>";
echo"</div>";
echo"</body>";
echo"</html>";
?>
<script type="text/javascript">
function ventanaNueva(documento)
{
window.open(documento,'nueva','width=300, height=400');
}
</script>