No entendí muy bien la cuestión, pero te puedo decir que en si pones "[]" al final del nombre de los checkboxes, llegarán a php como un array, y luego puedes concatenar sus valores como más te guste.
Código html:
Ver original<input type="checkbox" name="nombre[]" value="Hola" /> <input type="checkbox" name="nombre[]" value="Adiós" />