Me autorespondo
Crearíamos dos botones en el PruebaAJAXFTP de esta forma.
Código PHP:
if(file_exists('.'.$dir))
{
echo 'El fichero ya existe, desea sobreescribir el fichero';
echo '<p><input type="submit" onClick="confirmar_borrar();" value="Si" class="button"> <input type="submit" onClick="confirmar_no_borrar();" value="No" class="button"></p>';
}
Las funciones confirmar_borrar() y confirmar_no_borrar() estan definidas en el php principal el cual será el encargado de gestionar que hacemos con ello.
Una maravilla esto del AJAX...me estoy enamorando.
Gracias GatorV por la ayuda, aunque llevo 8 hora pegado en el ordenar hasta que lo he conseguido, pero he echo un curso rápido de AJAX.
Un saludete foreros del web.