a cada funcion tienes que darle una vista, o varias, es correcto lo que estas haciendo, asi es como se trabaja, pero deberias uasrlo asi:
<a href="/controlador/muestrapag2">enlaze a la pagina2</a>
Asi no tendras problemas de rutas.
ejemplo
en una vista tienes <a href="/controlador/muestrapag2">enlaze a la pagina2</a>
tu controlador seria
function muestrapag2(){
$this->load->view('tuotravista')
}
function muestrapag1(){
$this->load->view('cualquiervista')
}
La idea de esto es hacer que la web sea modular y no se repita todo el codigo html (cabezera, pies, banners etc) solo el contenido que va a cambiar, obivmanente el ejemplo que te estoy dando es muy simple. A esto se le puede agregar el uso de plantillas(y no me refiero a smarty u otro sistema de plantillas).
Saludos
Y con respecto a los frames, se puede trabajar con ellos sin problemas, pero se va a hacer mas complicado de mantener, y va a tener los problemas que normalmente estos tienen.