Hola sumolari,
Es muy dificil contestar lo que pides ya que no conocemos ni la carpeta a donde vas a subir ni la estructura de los directorios de tu carpeta en el servidor, sin esos datos es muy dificil saber a donde las puedes copiar.
Lo mejor y más sencillo es que subas un script:
Eso te imprimira la ruta desde donde estas ejecutando el script y con eso podrás saber la ruta.
Saludos.