Se la estas poniendo muy complicada. Lo mejor es lo siguiente:
<a href="logout.php">Presione AQUI para Salir</a>
Luego en el logout.php pones un mensajito o cualquier jalada de "gracias por visitarnos" o algo. También pones un time out digamos 5 segundos para que el usuario pueda leer el mensaje, al time out le pasas la función que cierra el pop up y recarga la pagina principal.
setTimeout(function(){opener.location.reload(true) ; window.close();}, 5000);
Al menos yo lo haría así y me evitaba problemas...