para que te reconozca el root solo agregale una barra adelante
supongamos que tenes un archivo que se llama INDEX.PHP adentro de una carpeta que es un subdominio, y que se llama SUBDOMINIO1.
Bien?
Ahora vos queres incluir un archivo que esta en la raiz del servidor en el archivo INDEX.PHP
entonces dentro del archivo INDEX.PHP escribis lo siguiente
Código PHP:
include ('/header3.php');
la barra dice que se arranca desde el directorio raiz