Lentitud extrema con php

[josefrl]

Hola Buenos dias amigos, les molesto nuevamente por la siguiente situacion:
Tengo un programa que hace ciertas validaciones de una data que nos envian en formato txt Vs la informacion que tenemos en nuestra BD y dependiendo de los resultados de las validaciones se etiqueta cada uno de los registros de dicho archivo en una carpeta o archivo diferente. La forma en la que manejo el programa es la siguiente:

en primer lugar hago las consultas (son 5 mssql_query) a la BD y las almaceno en memoria (esto lo hago para no tener que estar abriendo y cerrando la BD por cada valor que se vaya a validar) luego de tener ya las consultas en memoria cierro las conexiones a la BD y entro en el ciclo para empezar a validar cada uno de los items que se encuentran en el archivo txt que nos envian y dependiendo de los resultados de dichas validaciones almaceno el item en un archivo txt denominado para almacenar cada tipo de producto.

El problema que estoy presentando es el siguiente, muy claro y conciso:

Al momento de correr el programa se tarda mas de 6 horas en correr lo que me parece extremadamente lento.

Los registros que almaceno en memoria no superan los 50.000 y los registros que envian para validar en ocasiones llegan a los 40.000.

El servidor web lo tengo instalado en:
Windows XP sp2 2GBRam Pentium4
Server API Apache 2.0 Handler
PHP Version 5.2.6
La BD es windows 2003 Server (esta instalada en otro equipo)

He tratado de buscar informacion sobre lentitud en php y he conseguido informacion sobre aceleradores php los cuales segun lo encontrado son pagos, en este sentido me gustaria en primer lugar que me orientaran en cuanto a si para este programa (por demas sencillo) seria necesario la obtencion de uno de estos aceleradores o si ppor el contrario hay algun tips que me puedan dar a fin de verificar que es lo que esta pasando con el programa.

Nuevamente muchas gracias anticipada por toda la ayuda que me puedan brindar...