En cuanto a la geolocalización, tanto subdominios como subcarpetas funcionan correctamente. Lo único que se debe hacer es "dar de alta dos veces" el sitio en Google Webmasters Central, cada vez con el subdominio/subcarpeta correspondiente, para poder setear geolocalizaciones distintas a cada uno.
Hay
un video muy interesante al respecto en el
nuevo blog para webmasters en español de google.
En cuanto a tu pregunta, los subdominios actuan como webs diferentes, y las subcarpetas como la misma web.
Las ventajas y desventajas de cada opción las consecuencias directas de ello.
saludos!