josefrl:
Puede ser que donde estas guardando los resultados de la consulta a la BD este dandote problema por ser demasiados.
Prueba guardando los resultados en un archivo de texto de forma ordenada uno tras otro y para consultar simplemente utiliza file(archivo.txt) y lo buscas
a ver si eso acelera el sistema o lo retrasa aun mas.
Si esto no funciona, pues pareciera que habria que reinstalar los servidores
y cambiar el equipo porque podria estar defectuoso.
Personalmente NO creo que el script este causando eso.
Saludos
Y espero te ayude
Franco
