Duda de implementación

[alaintm]

Saludos a todos

Estoy desarrollando con mis estudiantes una especie de cms basado en MVC y web modular, con un único punto de entrada por index.php, pero mi duda es si la parte para administrar el contenido o sea el llamado panel de control lo desarrollo aparte o sea sus modulos y todo lo que intervenga en el (plantillas, acceso a datos ) como una aplicación independiente y que solo comparta lo común, para ser más especifico las funciones de manejo de la BD y si el archivo admin.php debe estar en un directorio aparte con todo lo del panel de control o al mismo nivel que el index.php.

Agradezco de antemano su ayuda