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Iniciado por pablisho 
Bienvenido!
Es necesario diferenciar bien las palabras: Contenido # Estructura.
Si cambiás el contenido va a afectar el posicionamiento para bien o para mal, dependiendo de que hayas hecho, si agregaste contenido nuevo, si eliminaste todo o si copiaste 100% otra web.
En cambio, si cambias la estructura del sitio (entiendiendo estructura como maquetación, diagramación de la web, etc.) no creo que sea un cambio radical o por lo menos no tanto como el cambio de contenido. Esas diferencias que algunos destacan por ejemplo entre divs y tablas no creo que sean el factor que determine si un sitio está por arriba de otro en los resultados... se supone que si Google tiene en cuenta hasta la cantidad de años que se ha registrado el dominio también es capaz para separar el código que "no sirve" (table, tr, td).
Entiendo por lo que me decis que le va a afectar por un tiempo ya que arme un sitio totalmente diferente.
Pueda que pierda posicionamiento por unas semanas y luego vuelva a recobrarlo...
PD: Estoy hablando mas de Yahoo en este caso que de google ya que en Google no aparece en primera posicion. en cambio en Yahoo Si.