Así me funciona ami:
Código PHP:
echo "<script lenguaje=\"javascript\"> alert(\"Tu mensaje\"); </script>";
o bien creas una funcion para usarla en todas tus paginas:
Código PHP:
function alerta_en_javascript($mensaje)
{
echo "<script lenguaje=\"javascript\"> alert(\"$mensaje\"); </script>";
}
para usar la funcion seria asi:
Código PHP:
/*include(funcion.php) -> en este archivo estara la funcion*/
alerta_en_javascript("Este seria el mensaje.");
Espero te funcione. Saludos