Bueno, es más una duda de html que de javascript, no? Una solución sencilla:
Código PHP:
<html>
<head>
<script>
var l=2;
function Prueba(){
var objTabla = document.getElementById("tabla");
var objTbody=objTabla.getElementsByTagName('tbody').item(0);
var objNuevaFila=objTbody.getElementsByTagName('tr').item(1).cloneNode(true);
//cambiamos el contenido de las celdas
objNuevaFila.getElementsByTagName('td').item(0).innerHTML = "<input id=\"Columna1"+l+"\" type =\"text\" name=\"Columna1"+l+"\" size=\"12\">";
objNuevaFila.getElementsByTagName('td').item(1).innerHTML = "<input value=\"26\" id=\"Columna2"+l+"\" type =\"text\" name=\"Columna2"+l+"\" size=\"5\" readonly>";
objNuevaFila.getElementsByTagName('td').item(2).innerHTML = "<select id=\"Columna3"+l+"\" name=\"Columna3"+l+"\" onchange=\"Columna2"+l+".value = this.value\"><option value=\"26\">Objeto1</option><option value=\"6\">Objeto2</option><option value=\"61\">Objeto3</option><option value=\"17\">Objeto4</option><option value=\"81\">Objeto5</option><option value=\"62\">Objeto6</option><option value=\"18\">Objeto7</option></select>";
objTbody.appendChild(objNuevaFila);
l++;
}
</script>
<style type="text/css">
<!--
.Estilo41 {color: #FFFFFF}
.Estilo41 {color: #FFFFFF}
-->
</style>
</head>
<body>
<form name="pepito" id="pepito">
<table id="tabla" width="22%" border="1">
<tbody>
<tr bgcolor="#000066">
<td width="29%"><div align="center"><span class="Estilo41">Col 1 </span></div></td>
<td width="24%"><div align="center"><span class="Estilo41">Col 2 </span></div></td>
<td width="47%"><div align="center"><span class="Estilo41">Col 3 </span></div></td>
</tr>
<tr>
<td><input name="columna11" type="text" id="IDfocoCont1" size="12" /></td>
<td><input value="26" name="columna21" type="text" id="NºPRTR1" size="5" readonly="readonly"/></td>
<td><select name="columna31" id="nomePRTR1" onchange="NºPRTR1.value = this.value" >
<option value='26' selected="selected" >Objeto1</option>
<option value='6' >Objeto2</option>
<option value='61' >Objeto3</option>
<option value='17' >Objeto4</option>
<option value='81' >Objeto5</option>
<option value='62' >Objeto6</option>
<option value='18' >Objeto7</option>
</select></td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p>
<input type="button" name="compb22" value="Engadir Carga Contaminante" onClick="Prueba();" />
</p>
<p></p>
</form>
</body>
</html>