p2pdownloading, no necesariamente has de salir perjudicado... Lo de los directorios, la verdad es que lo desconozco por lo que no puedo comentarte nada al respecto.
A grandes rasgos, los cambios tampoco son excesivamente significativos... Por lo que no creo que hayas hecho mal los deberes. Continua trabajando, consiguiendo enlaces naturales con el anchortext por el cual deseas posicionarte y aguanta... que esto de tener un página practicamente se limita a eso
xD ha aguantar el tirón y continuar haciendo SEO.
Saludos
