En realidad no creo que el orden afecte, pero si así fuera podrías solucionarlo usando lo que te pasé y un retardo:
Código PHP:
setTimeout(function(){
var dragDropObj = new DHTMLgoodies_dragDrop();
dragDropObj.addSource('box1',true);
dragDropObj.addSource('box2',true);
dragDropObj.addSource('box3',true);
dragDropObj.addSource('box4',true);
dragDropObj.addSource('box5',true);
dragDropObj.addTarget('dropBox','dropItems');
dragDropObj.init(); },500);