Saludos yo también tuve ese problema, aquí está la solución que encontré tal vez no tan elegante pero hace desaparecer esos carácteres extraños.
Primero que nada la solución planteada se puede aplicar a cualquier plantilla o formato de salida el inconveniente es que hay que repetir los pasos para cada una de ellas.
En mi caso solo hice los cambios sobre la plantilla phpdoc.de
Los archivos de esta plantilla se encuentran en el siguiente directorio
PhpDocumentor/phpDocumentor/Converters/HTML/frames/templates/phpdoc.de/templates/
Segundo hay que modificar los siguientes archivos:
- index.tpl
- header.tpl
- top_frame.tpl
- blank.tpl
La modificación es la siguiente:
Cambiar
Código HTML:
<?xml version="1.0" encoding="iso-8859-1"?>
por
Código HTML:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
Cambiar
Código HTML:
<meta http-equiv='Content-Type' content='text/html; charset=iso-8859-1'/>
por
Código HTML:
<meta http-equiv='Content-Type' content='text/html; charset=utf-8'/>
Nota: la etiqueta <?xml?> no aparece en todos los archivos así que no hay necesidad de agregarla en estos, solo modificar el encoding cuando aparezca.
La versión de phpDocumentor a la que le hice el cambio es la 1.4.1
Espero que les sirva a todos.