LEFT JOIN con dos argumentos en el ON

[jurena]

SELECT T.idtrabajo, M.idmaterial, MT.cantidad, M.nombre, M.idcategoria
FROM trabajos AS T
LEFT JOIN materiales_trabajos AS MT ON(MT.idtrabajo = T.idtrabajo)
LEFT JOIN materiales AS M ON(M.idmaterial = MT.idmaterial)

ESto debería mostrártelos todos, tengan o no idcategoria 1; y cuando no tienen ninguna categoría, te mostrará null

con IFNULL podrás quitar el null y mostrar lo que quieras

SELECT T.idtrabajo, M.idmaterial, MT.cantidad, M.nombre, IFNULL(M.idcategoria,'sin categoría') id_categoria
FROM trabajos AS T
LEFT JOIN materiales_trabajos AS MT ON(MT.idtrabajo = T.idtrabajo)
LEFT JOIN materiales AS M ON(M.idmaterial = MT.idmaterial)