El problema es que la condicion que pones en el while siempre es cierta, por eso no sale del bucle.
En el primer caso siempre ejecutas la consulta, que a no ser que desde otro sitio estes modificando la tabla, siempre va a devolver el mismo resultado, distinto de falso.
En el segundo caso, $rs siempre tiene el mismo valor, y dentro del while no lo modificas, asi que si inicialmente no es fals, nunca lo es y por eso nunca sale del bucle.
La condicion del while debe ser algo que se modifique segun se ejecute el bucle.
Como no pones que devuelve obtenFila(), solo puedo suponer (por como lo usas) que devuelve un array con todas las filas devueltas por la consulta.
Siendo un array, cambiaria el while por un foreach (o un for usando la longitud del array):
Código PHP:
<?
include("CompararRegistros.php");
$obj = new CompararRegistros;
$rs=$obj->seleccionarRegistros(1);
foreach( $rs as $reg )
{
echo "<pre>";
print_r($reg);
echo "</pre>";
$i++;
}
?>