¿Exactamente cual es la diferencia entre la versión con JavaScript y la versión sin JavaScript? Si es a donde dirigen los links, puedes usarlos así:
Código HTML:
<a href="noscript.html" onclick="function">link</a>
Donde la función retorne falso para que no efectúe el link. Si tiene desactivado el JS, se activará el link común.
Ahora, si lo que quieres es que simplemente no muestre el link o muestre un contenido alterno o algo similar, también es posible. Solo habría que saber exactamente como harás uso de estos links para darte alguna alternativa. Suerte
