es igual de sencillo...
Código HTML:
<input type="checkbox" name="foo[]" value="A"/>
<input type="checkbox" name="foo[]" value="B"/>
<input type="checkbox" name="foo[]" value="C"/>
y para tratarlo es casi del mismo modo que el <select/>
Código PHP:
$bar = join(',', array_values($_POST['foo']));
suerte!