agrega el <link> a las funciones que generan el cuerpo por ejemplo
Código PHP:
function cuerpo_user()
{
//Cerramos PHP para incluir codigo HTML
?>
<link href="estilo.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
<div id="cabecera">
<div id="bienvenido">
<p>
El tema de los acentos ni idea como lo podes solucionar.
Saludos amigo.