Buena idea amigo, pero, así precisamente es como intenté manejarlo y no se puede, porque siempre termina tan solo tomando el ultimo include hecho, aun si el programa que manda a llamar una función no ocupa las 2 bases, solo toma el ultimo include del archivo de queries.
Finalmente lo que tuve que hacer y con lo cual no estoy muy convencido, es a cada función abrirle y cerrarle su conexión, pues intenté de muchas maneras y solo esa resulto. Amigos, muchas gracias por su tiempo, si en algo puedo ayudar mas adelante, con gusto lo haré, ciao!
