No se si en menos if, pero si menos lineas.
La estructura de la consulta son muy parecidas, podrías simplemente, en cada IF, concatenar la parte de la consulta que difiere de las demás y pertenece a la opción seleccionada, por ejemplo;
Código PHP:
$sql = "SELECT ini.*,ins.*,reg.* FROM iniciativa ini,institucion ins,region reg WHERE ini.ini_inst_id = ins.inst_id ";
// Aqui tus Ifs concatenando el resto de la consulta
$sql .= " ORDER BY ini.ini_fecha_creacion ASC";
$q = $db->query($sql);