Bueno son cosas distintas, que tu aplicación pueda funcionar en distintos computadores y acceder a una base de datos centralizada es parte de la programación. Ahora, para hacer un ejecutable, los .JAR por si pueden ser ejecutables, el mismo JRE registra la extensión y los abre automáticamente con java.exe con los parámetros necesarios, si no funciona, puedes crear un archivo .bat especificando la ruta donde esta instalado el JRE y el nombre de tu archivo .JAR
Por ejemplo, creas un archivo con el bloc de notas:
Cita: java -jar MiAplicacion.jar
Y lo guardas como ejecutable.bat en el mismo directorio donde esta el archivo .JAR.
Es necesario eso si que el directorio donde esta instalado el JRE exista en las variables de entorno.