Si escribes ANSI C los podrás recompilar en Windows y entonces correrlos allí. Si haces correr el cygwin en Windows entonces podrás correrlos en una máquina Windows sin problemas (esto del cygwin es algo más dificil).
Hay muchos documentos sobre escribir C en Linux, así que no hay más que leerlos y buscarlos en
http://es.tldp.org y
http://tldp.org
(gcc es el compilador por excelencia, así que
man gcc te dará información sobre él)
Salu2.Ferdy