Este problema ya se planteó alguna vez con el post de otro forista, y te lo voy a resumir de esta forma:
1. No es conveniente "reorganizar" un índice autoincremental porque en esencia es una tarea sin funcionalidad, carente de practicidad y consumidora de tiempo de procesos. El renumerar las PK de un campo incremental no produce ninguna mejora en la optimización de consultas, por lo que resulta ineficiente y solamente resulta en tiempo de PC consumido.
2. Renumerar un campo autoincremental, reordenando la tabla sobre la base de otros campos, genera un nuevo ordenamiento FISICO de los datos, con la consiguiente sobrecarga del microprocesador, porque tiene que reescribir físicamente la tabla otra vez y reconstruir el índice completamente.
3. Tampoco es recomendable bajo ninguna circunstancia, renumerar una PK si se usa como FK de otras tablas, porque puede generar inconsistencia de datos entre registros de tablas relacionadas.
4. No se recomienza renumerar si existen datos históricos de otras transacciones, que hacen referencia a otros registros que tenían el mismo número. De hecho, en una tabla de stock, las ID jamás cambian porque el hecho que un producto ya no exista ni se fabrique no quiere decir que no aparezca en registros más antiguos. Pisar un ID sería lo mismo que ponerle a un recién nacido el número de documento de un muerto.
5. Finalmente, dos detalles:
- Por un lado, ¿qué te importa que tengas espacios de números que ya no usas, en tanto la numeración sea incremental? ¿para qué perder tiempo en renumerar?, ¿para que quede más lindo?
- Por otro lado, si el problema es que te puedes quedar sin números, entonces redefine el campo como BIGINT UNSIGNED, el que te permite del 0 al 18.446.744.073.709.551.615. ¿O es que esperas usar más IDs que eso?
Yo creo que no te debes preocupar por el tema.