Yo también tengo el mismo problema en uno de mis servidores, y buscando en la Web me encontré con esto:
http://pastebin.com/f5f7b369e
Al parecer es el código de fuente que origina todo este caos...
Entiendo muy poco sobre hackeos, pero en una parte del código dice:
Código:
if text.find('jgsbnf!tsd') != -1:
Entonces una solución "parche" mientras tanto sería añadirle a todos nuestros archivos el código 'jgsbnf!tsd', ¿no?
Peor es nada...
EDITO: Mi solución parche no funciona =_=