Pues, los cambios mas notables son el uso de arrays largos ya no se usa ($HTTP_XXXX_VARS) y register_globals viene OFF por defecto (desaparecera en PHP6). Talvez haya unos cuantos parches de seguridad, pero no estoy al tanto.
Buscando en Google encontre esto (el blog de enriqueplace)
http://phpsenior.blogspot.com/2006/0...php4-y-un.html