¿Sólo tú tienes acceso por FTP?
¿CuteFTP lo tienes legal?, si es pirata o bajado de eMule o similares podría estar manipulado para enviar los datos de acceso al hacker. O tienes una versión vulnerable, asegúrate de usar la última versión y sino usa otro, hay muchos clientes de FTP buenos y gratuitos:
http://www.softonic.com/windows/clientes-ftp-gratis