Hola,
No se muy bien que es lo que usas para generar tu web, si usas PHP por ejemplo, el index.php es igual para la version en español que para la version en inglés, porque el index es el programa que ejecutas en el sevidor y que genera el html que llega al cliente ( que es el que ven los buscadores ), si la peticion viene del dominio en español generas la version de tu web en español, si viene del dominio en inglés generas la versión en inglés.
En lo que se refiere a la url de la páginas tienes que adaptar el url rewrite que estés usando para que traduzca esto tambien.
Yo por jemplo uso asp .net y tengo por un lado la versión en español
http://www.anuncioneon.com y por otro la versión la versión en inglés
http://www.adsneon.com las dos están en el mismo hosting y ejecutal el mismos programas, para esto yo tengo todos los contenidos en una base de datos si las peticiones vienen de anuncioneon le suelto la información en español si viene de adsneon se la suelto en inglés.
Para mi lo importante era hacer la prueba de sacar la versión en ingles pasando el menor trabajo posible por eso utilizo el API de google, de esta forma es muy facil sacar una versión en francés, portugués...
Un saludo