Mi estimado Julián, no confundas los procesos de impresion con los colores, un duotono lo puedes hacer con la guia Pantone Solid, Pshop lo reconoce y al colocar las imagenes las imagenes en Ai este igual reconocera los 2 canales.
Aqui encuentras el proceso para realizar los duotonos
http://www.gusgsm.com/duotonos_photoshop