Mira, un banner no es más que un anuncio hecho con una imagen, que puede ser animada o estática, puede ser simplemente un jpg, un png, un gif o un flash, si sabes flash hazlo mediante eso, y colocale un link, sería lo mejor. Pero si por algún motivo quieres hacer un gif animado, pues te diré, hay varios programas, yo empleaba en ImageReady, que venía con el Photohop, ahora el photoshop mismo lo hace pero yo prefiería hacerlo con el otro programa. En la Red hay varios más, busca de esos que importan una carpeta llena de imagenes y puedes manipular los parámetros de animación. Ahora, en cuanto al link pues si lo haces con flash tú mejor que yo debe saberlo, y si es con alguna imagen pues eso no depende de la imagen sino del código HTML, quedaría así:
<a href="enlace" target="_blank"><img src="imagen.gif" border="0" /></a>